تصفیه اّب اکواریوم بر اساس دو نوع فیلتر تصفیه آب آکواریوم انجام می شود. فیلتر مکانیکی و فیلتر بیولوژیکی است. در فیلتراسیون فیزیکی، حذف ناخالصی های بزرگ صورت می گیرد و در فیلتراسیون شیمیایی آب را از یک ماده فعال شیمیایی عبور می دهند.
در یک آکواریوم اولین چیزی که خیلی مهم است این است که مقدار نیترات درون آب آکواریوم باید اندازه گیری شود. این به وسیله کیت هایی صورت می گیرد به نام کیت استاندارد نیترات که باید در دستگاه های تصفیه آب وجود داشته باشد.